Friday, 6 May 2016

BaseSpace updated: no more "free" bioinformatics

I've been a big fan of Illumina's BaseSpace since it was launched in late 2011. It was the first truly simple to access and free to use cloud-based analysis infrastructure for NGS data. I've used it a lot - primarily for run monitoring, but also for RNA-seq and Exome QC analysis using the BaseSpace Apps. But the free-for-all analysis Smörgåsbord is ending, and users will be looking carefully at the costs to determine if BaseSpace offers real value when compared to their internal infrastructure.


My lab has been using BaseSpace lots, primarily for run tracking and sharing some data with users, but more and more for quality control analysis of NGS libraries we've made and sequenced for users. At one point my lab was the largest user of BaseSpace in the world (we were early adopters) and we've an awful lot of data now sitting on Illumina's space in the Amazon Cloud - 70Tb to be precise! The prpblem with BaseSpace being free is that I've never deleted any data (although this was only possible from Sept 2014). As such my storage requirements are far higher than they need to be, and I suspect many other labs have the same problem. This has created an increasing headache for Illumina, but compared to the the price of a flowcell the storage is actually negligible: a PE150 HiSeq 4000 run costs about $15,000 in consumables, and generates 750Gb of data that costs $270 to store on AWS.

The cost of BaseSpace to users: Pricing was first discussed in the release of iCredits in 2013 but it was last year that Illumina announced the start of the transition to a full commercial launch of BaseSpace.

Whilst they are still providing a basic BaseSpace account for free this will only include 1TB storage space, or about 66% of a PE150 run on a HiSeq 4000. Using the free account you can still monitor sequencing runs, share data and access BaseSpace Apps. But the storage limit means after every single flowcell HiSeq users will need to tidy up and get rid of the data before their next flowcell starts. This probably makes BaseSpace Basic fine for smaller labs e.g 100+ MiniSeq runs, 50+ MiSeq 2x300 runs (although these don't appear to be working properly anyway so you could store 250 2x75 runs instead), or about 8 high-output NextSeq 2x150 runs.

BaseSpace Professional and Enterprise accounts allow users to purchase more storage and Illumina will pass-through Amazon Web Service prices (currently $360/TB/yr for storage under 50TB) at cost. Probably the feature I'd most like, and one Illumina spoke to us about five or six years ago was "fleet monitoring" where BaseSpace gives us the ability to keep an eye on our 7 Illumina sequencers and is promised to deliver "statistical information on sequencing runs over time". But this won't be available unless we sign up to the Enterprise account.

Free use of Illumina's BaseSpace apps ended officially last week (March 2016). Now almost all* compute charges will also be at AWS retail rates. The thing that has proven hardest to work out is how much what we do with BaseSpace will cost us going forwards. Although 99% of the data we generate is processed and delivered to users on our own internal hardware (supported very amiably by our wonderful Bioinformatics core) and this is all automated using Genologics Clarity LIMs, we still regularly make use of BaseSpace for some lightweight analysis.

The impact on our use of BaseSpace: Illumina showed the power of BaseSpace with the first "Genome in a day" in Feb 2012. And in April 2014 launched the RNA-seq apps TopHat and Cufflinks, which were a real milestone for me. I spoke at Illumina's 2014 AGBT workshop about my labs use of these tools for QC analysis of RNA-seq projects where my lab had made the libraries and run the sequencing. This allowed us to go much further than saying the sequencing was of high yield and quality. Our users liked the additional feedback as it meant they could get straight into downstream analysis and interpretation more quickly.

Why are Illumina doing this: How much storage and compute Illumina are subsidising is unclear but it is likely to be big (although a huge chunk could simply be people not deleteing data). In the note to customers highlighting the upcoming changes they say "due to the tremendous growth of our customer base, we are unable to continue to provide free unlimited storage and compute". However that same tremendous growth has resulted in tremendous profits from the large install base and significant reagent pull-through from all those customers. Personally I'd like to have seen costs rolled into SBS reagents, or better still library prep kits.

I hope BaseSpace continues to grow and I hope users don't leave in droves. My 70+TB are costing Illumina around $25,000 per year so I can understand them not wanting to pick up the tab - but this represents about 1% of my annual spend on consumables and support so I can't help but see this change as more than a little avaricious.

* Not all compute is charged for: Bcl2fastq conversion and demultiplexing remains free.

15 comments:

  1. "50+ MiSeq 2x300 runs (although these don't appear to be working properly anyway so you could store 250 2x75 runs instead)"

    Appear not to be working? Could you elaborate?

    ReplyDelete


  2. خدمات النظافة بالدمام لابد ان تقدمها شركة لديها ثقة في اتمام خدمات النظافة المنزلية لان النظافة العاية لا تعطي النتيجة الفعالة التي تتم بواسطة شركة تنظيف بالدمام متخصصة لانها تهتم بكل شئ داخل المباني فلدينا شركة تنظيف فلل بالدمام تكون متخصصة في نظافة الفلل المفروشة والمستعملة واعطائها الرونق الجمالي الخاص بها لدينا شركة تنظيف شقق بالدمام متخصصة في اعمال نظافة الشقق المنزلية وشقق المكاتب والمعارض بواسطة الادوات والمواد اللازمة لعمل ذلك لدينا تخصصتنا في اعمالنا التي ترضي العميل وتخلصة من الحشرات الصغيرة التي تسبب ازعاج كبير للاسرة من خلال شركة مكافحة حشرات بالدمام التي لديها معدتها وموادها لعمل ذلك كما يوجد متخصص ايضا للقضاء علي الحشرات من خلال التواصل مع شركة رش مبيدات بالدمام التي تنتهيك من كل الحشرات المنزلية كما نعمل معا للواصل اليك كل الخدمات المنزلية من خلال خدمة الاثاث بواسطة افضل شركة نقل اثاث بالدمام والتعامل معها سوف يصل الي منزلك الجيد بدون اي تعب
    كما يوجد خدمتنا الاخري التي يمكنك البحث عنها م والاستفادة منها
    شركة تنظيف بالقطيف
    شركة تنظيف بالجبيل
    شركة تنظيف بالاحساء


    ReplyDelete
  3. I really appreciate information shared above. It’s of great help. If someone want to learn Online (Virtual) instructor lead live training in TECHNOLOGY , kindly contact us http://www.maxmunus.com/contact
    MaxMunus Offer World Class Virtual Instructor led training on TECHNOLOGY. We have industry expert trainer. We provide Training Material and Software Support. MaxMunus has successfully conducted 100000+ trainings in India, USA, UK, Australlia, Switzerland, Qatar, Saudi Arabia, Bangladesh, Bahrain and UAE etc.
    For Demo Contact us.
    Saurabh Srivastava
    MaxMunus
    E-mail: saurabh@maxmunus.com
    Skype id: saurabhmaxmunus
    Ph:+91 8553576305 / 080 - 41103383
    http://www.maxmunus.com/


    ReplyDelete

  4. شركة تاج لتسليك المجارى بالدمام 0551844053 تمتلك الشركة افضل الادوات المثاليه المستخدمه فى عمليات تسليك المجارى
    شركة تسليك مجارى بالدمام
    بالدمام والتى تمتلك الخبره الكافيه لذلك والتى تعتمد على عماله فنية مدربه على اعلى مستوى من الدقه والمهاره فى تنفيذ
    كل ما هو مطلوب من الطاقم المرسل اليك عزيزى العميل وذلك لتلبية جميع طلباتك عزيزى العميل كل ما عليك هو ان تبادر
    بالاتصال بافضل شركة تسليك مجارى بالدمام نقوم فى شركة تاج باستخدام افضل الاساليب العلميه الحديثه والطريقه
    المثاليه والصحيحه لعملية تسليك المجارى بالدمام نقوم بتسليك للحمامات بالدمام وتسليك صفايات الحمامات اثناء وجود تسليك وشركة تسليك
    مطابخ بالدمام من اوائل الشركات التى تعتمد على افضل الطرق الحديثه والتى تستخدمها شركة تاج 0551844053 تسليك مجارى بالدمام
    التى اصبحت فى طليعة شركات التسليك بالدمام ولا تقل اهمية عن شركة طيوب لتسليك المجارى بالدمام
    شركة تسليك مجارى بالقطيف
    شركة تسليك مجارى بالخبر
    شركة تسليك مجارى بالجبيل
    شركة تسليك مجارى بصفوى وسيهات وراس تنورة
    شركة تسليك مجارى بخميس مشيط
    شركة تسليك مجارى بالرياض
    شركة طيوب لتسليك المجارى بالدمام
    شركة طيوب لتسليك المجارى بالقطيف

    ReplyDelete
  5. شركة تاج لمكافحة الحشرات بالدمام تنتشر الحشرات بشكل غير طبيعي في اماكن تواجد الانسان لانها تتغذى على بقايا الطعام والحل معنا في شركة تاج اعرق شركة
    مكافحة حشرات بالدمام هذا لاننا نتخلص من الحشرات بدون رائحة في جميع الاماكن شركة مكافحة الحمام بالدمام والخبر ( بيوت شعر – مدارس – جمعيات – شركات – فلل – قصور – منازل – شقق )
    شركة مكافحة حشرات بالدمام
    شركة مكافحة حشرات بالقطيف
    شركة مكافحة حشرات بالجبيل
    شركة مكافحة حشرات بالخبر
    شركة مكافحة النمل الابيض بالدمام
    شركة مكافحة حشرات بسيهات
    شركة مكافحة حشرات بجازان
    شركة رش مبيدات بجازان
    شركة رش دفان بالدمام

    ReplyDelete

  6. توفر الشركة لعملاؤها الكرام الكثير من خيارات و برامج عمليات تنظيف المنازل
    شركة تنظيف منازل بالجبيل
    وخبرتنا العملية و استطلاعنا الدائم لسوق خدمات تنظيف الشقق يؤكد لكم عملاؤنا الكرام انكم حتما ستجدون ما يناسب
    احتياجاتكم ضمن شرائحنا المختلفة والمتعددة المصممة خصيصا لتلبى مختلف احتياجاتكم فى اعمال تنظيف المنازل بالجبيل
    تنظيف المنازل بالقطيف انتشر بكثرة بين الناس لضمان الحصول على افضل اسعار تنظيف الشقق ذلك لأن شركات التنظيف لديها من
    العمالة ما يكفي لأنجاز المهام فى اقل مدة زمنية، ايضاَ كل شركة تنظيف من المفروض ان يتوفر بها ماكينات تنظيف مخصصة فى
    تنظيف الفلل و تنظيف القصور ونظافة المنازل وكل ماكينة تنظيف تقوم بمهام معينة يصعب على ربة المنزل القيام بها بمفردها
    مثل تنظيف القماش و لهذا يفضل إسناد المهمة إلي افضل شركة تنظيف منازل بالقطيف شركة تاج الافضل دائما 0551844053
    شركة تنظيف بالجبيل
    شركة تنظيف سجاد بالجبيل
    شركة تنظيف شقق بالجبيل
    شركة تنظيف فلل بالجبيل
    شركة تنظيف مجالس بالجبيل
    شركة تنظيف منازل بالقطيف
    شركة تنظيف مجالس بالقطيف
    شركة تنظيف سجاد بالقطيف
    شركة تنظيف شقق بالقطيف

    ReplyDelete


  7. الخدمات المنزلية المقدمة من شركة تاج بمدينة الاحساء 0551844053
    شركة تاج لتنظيف المنازل والبيوت وتنظيف السجاد والمجالس والموكيت بالاحساء مع وجود قسم خاص لمكافحة الحشرات ورش المبيدات
    وتسليك للمجارى وشفط وتنظيف البيارات بالاحساء شركة تسليك مجارى بالاحساء
    لاداعى للقلق من بعد الان بعد تعاملك مع شركتنا كل ما عليك عزيزى العميل هو ان تبادر بافضل شركات التنظيف للمنازل بالجبيل موسسه تنظيف منازل بالجبيل شركات تنظيف المنازل بالجبيل تسعى دائما شركة تنظيف المنازل بالجبيل على ان تكون فى مقدمة وطليعة شركات التنظيف الموجودة بالمنطقة الشرقيه بالجبيل وتسعى دائما الى توسيع دائرة العمل فى معظم المناطق والمدن المجاوره بالجبيل والقطيف ونقدم النظافه العامه لكل عملائنا الكرام الموجودين بالمنطقة الشرقيه لانا ششركتنا تعد من افضل شركات التنظيف وهى شركة رائده تعتمد فى المقام الاول والاخير على اتقان العمل وجودته والسمعه الطيبه لدى عملائنا بالمنطقة الشرقية
    كما تقدم الشركة ايضا خدماتها فى مجالات عديده بالجبيل والقطيف ومنها على سبيل الذكر وليس الحصر
    خدمات شركتنا عديده ومتعدده فى مجالات النظافه لذا لا تتردد عزيزى العميل بالاتصال بنا فورا نصلك فى الوقت المناسب املين ان تحوذ خدماتنا على رضاكم

    ومن خدمات شركة تاج بمدينة الاحساء ومنها :

    شركة مكافحة حشرات بالاحساء
    شركة كشف تسربات المياه بالاحساء
    شركة تنظيف بالاحساء
    شركة تنظيف سجاد بالاحساء
    شركة تنظيف مجالس بالاحساء
    شركة تنظيف منازل بالاحساء
    شركة رش مبيدات بالاحساء
    شركة عزل اسطح بالاحساء
    شركة مكافحة النمل الابيض بالاحساء


    ReplyDelete



  8. شركة تسليك مجارى بالدمام شركة ركن الامثل 0502644550

    شركة تسليك مجارى بالدمام عزيزى العميل ان مشكلة انسداد المجارى التى تقابل عملائنا الكرام فى حياتنا اليومية لذلك عزيزى العميل باتصالك على شركة ركن الامثل فانك تحصل على خدمة ممتازة واداء مميز من قبل مندوبنا وحل مشكلة الانسداد التى تواجهك عزيزى العميل
    تعتمد شركتنا فى التسليك لبلاعات الحمامات وازالة الدهون المتراكمة فى احواض المطابخ وصفايات المطابخ نعمل داائما على ابادة الشوائب المتراكمة نتيجة غسيل الاوانى والزيوت نتيجة الطهى المستمر بالمطبخ لذلك نعمل جاهدين على تلبية طلبات عملائنا الكرام .
    افضل الطرق التى تقدمها شركتنا فى مجال تسليك المجارى
    تقدم الشركة افضل فريق مخصص لتسليك المجارى فشركتنا لا تقل اهميه عن شركة طيوب لتسليك المجارى بالدمام .
    تقوم الشركة بعمل غسيل لمواسير الصرف الصحى من الدهون وتعمل على اذابتهانهائيا..
    يقوم طاقم العمل الموجود لدى العميل بسكب المواد التى تعمل على تفتيت الدهون واذابتها من داخل مواسير الصرف الصحى..
    من الان وصاعدا من وداعا لمشكلة تسليك المجارى وتسليك مواسير الصرف الصحى تعمل الشركة على توفير افضل انواع الاجهزة وتوفير طاقم فنى متخصص يلبى رغبة دائما عملائنا الكرام نعمل من اجل اراحتك عزيزى العميل بسهولة تامة وباسعار خيالية رخيصة جدا وغير مكلفة.
    ارخص شركة تسليك مجارى بالدمام ويوجد قسم خاص لتسليك البيارات وعمل شفط لها مع رمى المواد لاذابة الدهون وجعل البيارة صالحه للاستخدام ويوجد ضمان يصل الى 5 سنوات.
    شركة مكافحة حشرات بالدمام
    شركة المثالية للتنظيف بالدمام
    شركة المثالية لتنظيف المنازل بالدمام

    ReplyDelete

  9. خدمات شركة ركن الامثل لتسليك المجارى بالقطيف 0502644550



    شركة ركن الامثل لتسليك المجارى بالقطيف 0502644550 شركة تسليك مجارى بالقطيفوالتى تمتلك افضل الادوات المثالية والتى تنافس اقوى الشركات فى مجال
    التسليك ومنها شركة طيوب التى لا تقل شركتنا اهمية عنها من حيث العمالة الفنية المدربه على اعلى مستوى من الخبرة والمهارة
    وامتلاك احدث الادوات والاجهزة الحديثة نعمل فى شركة ركن الامثل ارخص شركة تسليك مجارى بالقطيفعلى حل مشاكل التسليك بافضل الطرق المثالية الممتازة والتى
    تميزنا عن غيرنا فشركة ركن الامثل من افضل شركات التسليك المجارى ويوجد لدينا فنى تسليك مميز وعمالة مدربه على اسس
    عالمية فشركتنا هى احدى افضل الشركات الرائدة في مجال التسليك و الصيانة و التى تقدم افضل خدمة تسليك مجاري داخل افضل شركة تسليك مجارى بالقطيف
    المنازل كل اسرة تدرك اهمية المحافظة على نظافة احواض و مصارف المطبخ و الحمام و بما انك انتي ربة المنزل فتكوني انتي
    سيدة المنزل الاولى فلابد المحافظة على المنزل والتعامل مع افضل الشركات وهى شركة ركن الامثل لتسليك المجارى بالقطيف
    وباقل التكاليف وعدم تكرار المشكله مرة اخرى ويوجد ضمان على التسليك للعملاء شركات تسليك مجارى بالقطيف
    شركة كشف تسربات المياه بالقطيف
    شركة مكافحة حشرات بالقطيف


    ReplyDelete

  10. شركة تسليك مجارى بالخبر 0502644550 شركة ركن الامثل

    شركة تسليك مجارى بالخبر ان مشكلة تسليك المجاري بالخبر من اكثر المشاكل اهتماما لدينا كأفضل شركة تسليك مجاري بالخبر فهي خدمة لا غني عنها في بيوتنا جميعا لان كثيرا ما نتعرض الي انسداد البالوعات او مجاري الصرف الصحي والتي ينتج عنها الكثير من المتاعب والتي تلحق بنا الأذى فلذلك يجب علينا الاهتمام بخطوط الصرف الصحي وتسليك المجاري والبيارات باستمرار وكذلك سرعة التخلص من هذه المشكلة في اقرب وقت حتي لا تزيد عواقبها لذلك يجب الاتصال علي شركة متخصصة في تسليك المجاري.
    الاضرار التى تسببها مشكلة انسداد المجارى وبلاعات الصرف الصحى:
    1_تودى الى تخريب البنية التحتية فيجب الاسراع فى تقديم حلول سريعه للمشكلة.
    2_تودى ايضا الى وجود حشرات بالمنزل فيجب التخلص من المشكلة سريعا.
    3_توثر بالسلب على صحتك وصحة اطفالك(نظرا للروائح الكريهه التى تسببها مشكلة انسداد المجارى
    على طاقم محترف من العمالة المدربة على عملية تسليك مجاري المطبخ والحمام والصرف الامريكي والعادي وغرف التفتيش وبلاعة المطبخ والبيارات تقدم لكم افضل الخبرات فى خدمات الصيانه المنزليه
    وخدمة تسليك المجارى بأحدث الاجهزه والمعدات والوسائل المطوره الحديثه
    من خلال عماله على اعلى مستوى من الخبرة والتخصص المهني فشركتنا لا تقل اهميه عن شركة طيوب لتسليك المجارى بالخبر شركات تسليك مجارى بالخبر
    لا تقلق بعد اليوم فشركتنا موجوده لخدمتك لحمل عناء مشاكل منزلك او اخطاء السباكين
    نتشرف باننا من اوائل الشركات التى تنفرد فى هذا المجال لانها الاقوي وبآستخدام احدث الاجهزة
    لاتندم ابدا على اختيارك شركة ركن الامثل 0502644550
    شركة كشف تسربات المياه بالخبر
    شركة مكافحة حشرات بالخبر
    شركة تنظيف سجاد بالجبيل
    شركة تنظيف مجالس بالجبيل
    شركة تنظيف منازل بالجبيل
    شركة مكافحة حشرات بالجبيل
    شركة تسليك مجارى بالجبيل

    ReplyDelete

Note: only a member of this blog may post a comment.