Tuesday, 3 May 2016

How many reads to sequence a genome?

Last year I posted about the Lander-Waterman equation used to calculate the number of reads needed to sequence a sample. I explained that this general equation (C = LN/G) can be rearranged to allow you to compute the number of reads (N) to sequence a genome of known size (G) with specific coverage (C) and using reads of a specified length (L). Today I finally finished my Calculoid NGS reads calculator to make it easier to access..feel free to use and reuse as you see fit.


2 comments:

  1. Nice one,
    Have you thought about a calculator for targeted sequencing experiments
    (replace genome size with target capture region size and add a factor for off-target reads).
    E.g. assume 80% on-target fraction on a 1MB region with 500x Coverage and PE100:

    N = (Coverage * TargetSize) / (Readlength * Offtargetfraction)

    N = (500 * 1Mbp ) / (200 * 0.8)
    N = 3.125 M reads

    That's how we calculate our targeted experiments...

    ReplyDelete


  2. خدمات النظافة بالدمام لابد ان تقدمها شركة لديها ثقة في اتمام خدمات النظافة المنزلية لان النظافة العاية لا تعطي النتيجة الفعالة التي تتم بواسطة شركة تنظيف بالدمام متخصصة لانها تهتم بكل شئ داخل المباني فلدينا شركة تنظيف فلل بالدمام تكون متخصصة في نظافة الفلل المفروشة والمستعملة واعطائها الرونق الجمالي الخاص بها لدينا شركة تنظيف شقق بالدمام متخصصة في اعمال نظافة الشقق المنزلية وشقق المكاتب والمعارض بواسطة الادوات والمواد اللازمة لعمل ذلك لدينا تخصصتنا في اعمالنا التي ترضي العميل وتخلصة من الحشرات الصغيرة التي تسبب ازعاج كبير للاسرة من خلال شركة مكافحة حشرات بالدمام التي لديها معدتها وموادها لعمل ذلك كما يوجد متخصص ايضا للقضاء علي الحشرات من خلال التواصل مع شركة رش مبيدات بالدمام التي تنتهيك من كل الحشرات المنزلية كما نعمل معا للواصل اليك كل الخدمات المنزلية من خلال خدمة الاثاث بواسطة افضل شركة نقل اثاث بالدمام والتعامل معها سوف يصل الي منزلك الجيد بدون اي تعب
    كما يوجد خدمتنا الاخري التي يمكنك البحث عنها م والاستفادة منها
    شركة تنظيف بالقطيف
    شركة تنظيف بالجبيل
    شركة تنظيف بالاحساء


    ReplyDelete