Last year I posted about the Lander-Waterman equation used to calculate the number of reads needed to sequence a sample. I explained that this general equation (C = LN/G) can be rearranged to allow you to compute the number of reads (N) to sequence a genome of known size (G) with specific coverage (C) and using reads of a specified length (L). Today I finally finished my Calculoid NGS reads calculator to make it easier to access..feel free to use and reuse as you see fit.
Nice one,
ReplyDeleteHave you thought about a calculator for targeted sequencing experiments
(replace genome size with target capture region size and add a factor for off-target reads).
E.g. assume 80% on-target fraction on a 1MB region with 500x Coverage and PE100:
N = (Coverage * TargetSize) / (Readlength * Offtargetfraction)
N = (500 * 1Mbp ) / (200 * 0.8)
N = 3.125 M reads
That's how we calculate our targeted experiments...
ReplyDeleteخدمات النظافة بالدمام لابد ان تقدمها شركة لديها ثقة في اتمام خدمات النظافة المنزلية لان النظافة العاية لا تعطي النتيجة الفعالة التي تتم بواسطة شركة تنظيف بالدمام متخصصة لانها تهتم بكل شئ داخل المباني فلدينا شركة تنظيف فلل بالدمام تكون متخصصة في نظافة الفلل المفروشة والمستعملة واعطائها الرونق الجمالي الخاص بها لدينا شركة تنظيف شقق بالدمام متخصصة في اعمال نظافة الشقق المنزلية وشقق المكاتب والمعارض بواسطة الادوات والمواد اللازمة لعمل ذلك لدينا تخصصتنا في اعمالنا التي ترضي العميل وتخلصة من الحشرات الصغيرة التي تسبب ازعاج كبير للاسرة من خلال شركة مكافحة حشرات بالدمام التي لديها معدتها وموادها لعمل ذلك كما يوجد متخصص ايضا للقضاء علي الحشرات من خلال التواصل مع شركة رش مبيدات بالدمام التي تنتهيك من كل الحشرات المنزلية كما نعمل معا للواصل اليك كل الخدمات المنزلية من خلال خدمة الاثاث بواسطة افضل شركة نقل اثاث بالدمام والتعامل معها سوف يصل الي منزلك الجيد بدون اي تعب
كما يوجد خدمتنا الاخري التي يمكنك البحث عنها م والاستفادة منها
شركة تنظيف بالقطيف
شركة تنظيف بالجبيل
شركة تنظيف بالاحساء